Tras el descubrimiento de las islas por parte del obispo español Tomás de Berlanga en 1535, las Galápagos se esfuman del registro histórico. Pero solo por unos años. Vuelven a aparecer en 1546, con la aventura de Diego de Rivadeneira.

Arreciaba por entonces la llamada Guerra Civil entre los Conquistadores del Perú (1537-1554). Gonzalo, el último de los hermanos Pizarro vivo en tierras americanas, y por entonces un rico encomendero de la Real Audiencia de Charcas (actual Bolivia), se había alzado en 1544 contra las Leyes Nuevas decretadas por el monarca Carlos I en noviembre de 1542, en el marco de la llamada "Rebelión de los Encomenderos": conquistadores que se habían visto privados, merced a esa nueva legislación, del derecho a encomiendas hereditarias ― es decir, a la explotación esclavista de indígenas andinos. Los "pizarristas" armaron un ejército y se enfrentaron al primer virrey del Perú, Blasco Núñez de Vela, quien terminó siendo derrotado en Iñaquito (enero de 1546) y degollado en el propio campo de batalla.

Enterado de tales eventos y fiel a la Corona hispana, el capitán Diego Centeno se alzó en armas contra Pizarro y sus leales en la ciudad de La Plata (hoy Sucre, Bolivia) e intentó reinstaurar el poder real. Pizarro envió entonces en su persecución a su lugarteniente Francisco de Carvajal, un veterano conquistador tristemente célebre por su "mala y cruel condición" y que terminó siendo apodado "el Demonio de los Andes".

Carvajal comenzó una larga persecución de las tropas de Centeno. Desde Cusco llegó a Oruro, en el altiplano boliviano, en donde enfrentó a su rival. Centeno, que tenía fuerzas sustancialmente inferiores, evitó a duras penas una masacre y, en desbandada, logró llegar con los suyos a Arequipa.

Desde allí, el líder realista envió al cercano puerto de Quilca a un subordinado, el capitán Diego de Rivadeneira, acompañado por una docena de sus hombres, a buscar un navío en el que embarcarse y dirigirse a Lima. Rivadeneira llegó a la costa pero los locales le informaron que los barcos más cercanos estaban a unos ciento cincuenta kilómetros al sur, en el puerto de Arica, en el actual Chile.

Andando a marchas forzadas llegaron a Arica, en donde se apoderaron de un navío mediante engaños y se hicieron a la mar con rumbo a Quilca, para recoger al resto de sus compañeros. Sin embargo, cuando finalmente arribaron no hallaron a Centeno. Este había estado allí días antes y, al no encontrar a Rivanedeira, y por temor a las represalias de Carvajal, que le pisaba los talones, había deshecho sus tropas (unos cuarenta hombres) y se había escondido entre las comunidades indígenas de las montañas cercanas. Quien sí estaba esperándolos era el propio Carvajal, que de alguna manera se había enterado de los planes de sus adversarios. Con engaños y falsas promesas quiso hacer desembarcar a Rivadeneira, pero este decidió seguir viaje rumbo a Nicaragua.

Lamentablemente, el barco no contaba con brújula o cartas náuticas, y ni siquiera tenía provisiones suficientes. Por temor a ser aprehendidos por la facción contraria, los escapados se mantuvieron lejos de la costa, y la corriente de Humboldt terminó arrastrándolos a las Galápagos, veinticinco días después de zarpar de Quilca.

Una de las anécdotas más trágicas de ese viaje fue el intento de atrapar una tortuga marina para alimentarse. Uno de los miembros más jóvenes de la expedición se sentó a horcajadas a lomos del animal mientras los demás intentaban atarlo. Pero, debido a un cambio de viento o de corrientes, tortuga y barco de separaron, y el muchacho, que no sabía nadar, quedó sujeto al lomo del reptil, sólo en medio del mar.

Finalmente, tras dejar atrás el archipiélago, la pequeña tripulación logró logra alcanzar las costas de América Central, desembarcando en la localidad de San José Ixtapa, en el actual México.

Al parecer existe una reseña del viaje con una sucinta descripción de las islas incluida por el tesorero real Pedro Castellanos en una misiva a Felipe II. También hay noticias de esa navegación anotadas por Pedro de la Gasca, presidente de la Real Audiencia de Lima, y por el cronista Pedro Cieza de León en el tercer libro de sus Guerras civiles del Perú. Esta última obra, escrita hacia mediados del siglo XVI y publicada por primera vez por Marcos Jiménez de la Espada en 1877 (basándose en un manuscrito incompleto existente en la Biblioteca del Palacio Real de Madrid), es probablemente la fuente más conocida para estos hechos: en concreto el capítulo CCVII, titulado "De cómo el capitán Diego de Rivadeneira allegó al puerto de Quilca, y de cómo fue aportar a la Nueva España y en el camino vido una isla grandísima".

Ninguno de los autores que recogen esta aventura parecía conocer la existencia de la carta de Tomás de Berlanga a Carlos V dando cuenta del descubrimiento de las Galápagos.

Como epílogo, cabe mencionar que Carvajal terminó derrotando a Centeno en la batalla de Huarina, en octubre de 1547, aunque para ese entonces el bando "pizarrista" ya estaba en desbandada. Carvajal fue ejecutado junto a Gonzalo Pizarro en 1548, tras su derrota final en la batalla de Jaquijahuana; su casa fue demolida y el terreno, sembrado de sal. Un año después murió Centeno, de unas fiebres. Diego de Rivadeneira hizo llegar a Pedro Castellanos una petición formal para que se le garantizara el derecho de exploración, colonización y gobierno de las Galápagos. Una petición que cayó en oídos sordos. Tras ello, el nombre del capitán español desaparece para siempre de los registros históricos.

[La imagen que ilustra este texto corresponde a un cuadro que representa a "Los 13 de la Isla del Gallo"].