La presencia de las icónicas tortugas gigantes en las Galápagos ya se menciona en el primer texto producido sobre las islas: la carta del obispo Tomás de Berlanga al rey español Carlos I. El archipiélago recibió su nombre de los reptiles, utilizando una antigua palabra castellana para "tortugas", y desde entonces los vistosos animales han aparecido en casi todos los libros, crónicas, periódicos, noticias y diarios relacionados con el archipiélago.

La relación inicial entre humanos y tortugas fue de cazador-presa: los reptiles alimentaron a las tripulaciones de los innumerables barcos que atracaron en las costas isleñas desde el siglo XVI en adelante. Con el tiempo, sin embargo, fueron vistas como un "recurso natural": además de ser utilizadas por los barcos como reserva de alimento, los comerciantes las capturaron como fuente de aceite y combustible y, por lo tanto, como un bien comercial. Desde mediados del siglo XIX hasta 1959, naturalistas y zoólogos sumaron sus acciones a la lista de amenazas: capturaron tortugas para enriquecer sus colecciones, y eventualmente llevaron a los animales al borde de la extinción.

Con el desarrollo de fuertes medidas de protección para la biodiversidad de Galápagos (a partir de la creación del Parque Nacional en 1959) surgió la conciencia sobre la necesidad urgente de proteger a las tortugas, lo cual se tradujo eventualmente en una serie de acciones prácticas y concretas.

Según el libro Galapagos: A brief history de Jacob Lundh (que, en términos de la historia de la FCD, está fuertemente basado en las revistas Noticias de Galápagos), el marcado de tortugas comenzó en isla Santa Cruz bajo la dirección de Raymond Lévêque, el primer director de la Estación Científica Charles Darwin (ECChD), entre 1960 y 1962. Su sucesor en el cargo, André Brosset, continuó esas actividades. En 1962, el Dr. Herndon Dowling, curador de reptiles en el Parque Zoológico de Nueva York, recolectó tortugas en las islas para criarlas en cautiverio. Además, el Prof. C. C. Carpenter introdujo un nuevo y mejor sistema para marcar tortugas: una combinación de muescas en los bordes de los caparazones.

En 1963, David Snow comenzó a trabajar como director de la ECChD y amplió el censo de quelonios a otras islas más allá de Santa Cruz. El informe de Snow sobre las tortugas de Galápagos (1964) incluía buenas noticias sobre la reproducción de las especies de isla San Cristóbal a fines de la década de 1950, y sobre las que aún sobrevivían en isla Española.

Antes de 1970 se descubrió que sobrevivían 10 de las 15 especies originales de tortugas isleñas, aunque estaban seriamente amenazadas por depredadores invasores. En 1965, Roger Perry, el nuevo director de la ECChD, realizó un experimento: recolectó huevos en isla Pinzón, donde una pequeña población sobreviviente de tortugas había estado tratando de reproducirse sin éxito debido a las ratas introducidas. Aunque no se sabía nada sobre cómo incubar huevos y criar juveniles, Perry, Miguel Castro (oficial de conservación de la ECChD) y Anders Rambech (uno de los primeros colonos noruegos de Puerto Ayora) lo hicieron funcionar. Esto animó a Perry a extender el programa a otras especies en peligro de extinción.

En mayo de 1969, Rolf Sievers, gerente de la estación, diseñó y construyó un conjunto de estructuras para la incubación y la crianza de las tortugas, con el apoyo financiero de la San Diego Zoological Society. Fueron inauguradas en 1970. Hacia finales de ese año, las primeras 20 tortugas nacidas de los huevos de Pinzón fueron liberadas en su isla original; dos años después, le siguieron 52 más.

Todos esos procesos fueron alentados y apoyados por los directores Peter Kramer (1970-1973) y Craig MacFarland, quién llegó después de Kramer. MacFarland había estudiado las poblaciones de tortugas y había escrito varios artículos sobre cómo protegerlas. Bajo su dirección, se fortaleció y mejoró el programa de crianza.

En 1975, las tortugas más viejas de las islas Santiago y Española criadas en la ECChD fueron llevadas a sus lugares de procedencia. Además, a las tortugas de San Cristóbal les estaba yendo bien, después de que la población local redujera la cantidad de perros salvajes. Curiosamente, la producción de tortugas en la reserva de Santa Cruz, ubicada en las tierras altas de la isla, fue dañada por perros en 1971-1975.

Para 1985, se agregó un nuevo avance al programa de crianza: con el asesoramiento de los científicos de la FCD Howard y Heidi Snell, la ECChD y el Parque Nacional Galápagos criaron tortugas a diferentes niveles de temperatura y humedad, al darse cuenta de que tales características determinaban el sexo de los animales. Este descubrimiento llevó a la producción de una mayor proporción de hembras, favoreciendo los resultados del programa de reproducción.

Para 1988 se habían liberado más de mil tortugas. Solo en Española había más de 200 animales nacidos en cautiverio.